Jasper Jonhs nasceu em Augusta, no estado norte-americano da Georgia, e cresceu em Allendale, na Carolina do Sul, com os seus tios e avós, após a separação dos seus pais. Sobre esta fase da sua vida disse No sítio onde eu era uma criança, não haviam artistas nem arte; assim não sabia o que isso queria dizer. Creio que pensava que isso significava que estaria numa situação diferente daquela em que me encontrava.
Jaspers Johns estudou na Universidade da Carolina do Sul entre 1947 e 1948, e em 1949 muda-se para Nova Iorque, ingressando numa escola de arte comercial, a Parsons School of Design. Em 1952 vai para o exército, e é colocado em Sendai, no Japão, durante a Guerra da Coreia, onde fica até 1953. De volta a Nova Iorque, Jasper Johns conhece Robert Rauschenberg, Merce Cunningham, coreógrafo, Marcel Duchamp e John Cage, músico da vanguarda americana. Junto aprofundam a cena da arte contemporânea, ao mesmo tempo que começam a seguir os seus próprios caminhos na arte.
Em 1955, pinta o mais famoso, e conhecido dos seus quadros, A Bandeira norte-americana. Os seus quadros são descritos como dada neo-dadaístas, em oposição a Pop Art, embora aqueles incluam, habitualmente, imagens e objectos da cultura popular. Ainda assim, o trabalho de Jaspers Johns é catalogado como pertencendo à Pop Art, devido ao uso artístico da iconografia clássica. Mais tarde, durante a suas exposições em Paris suas bandeiras são vistas, por alguns críticos, como divulgação nacionalista.
Os seus primeiros trabalhos tinham por base temas simples, como bandeiras, mapas, alvos, números e letras. O tratamento peculiar dado às suas telas, tem origem numa técnica denominada encaústica, que consiste em diluir a tinta em cera quente. Mais tarde, em 1958, Johns acrescenta relevo aos seus quadros, colocando neles objectos reais, como escovas, latas, pincéis ou letras. O seu trabalho caracteriza-se, assim por ser paradoxal, contraditório e problemático, semelhante ao de Marcel Duchamp (associado ao movimento Dada). Para além de quadros, Johns também trabalhou em entalhes, esculturas e litografias.
Contrariamente a muitos outros artistas, Johns viu a sua obra reconhecida ainda em novo. Em 1957, expõe colectivamente no Jewish Museum, onde conhece Leo Castelli; no ano seguinte, este organiza a sua primeira exposição individual, na galeria da qual era dono. Ainda em 1958, Johns expõe no pavilhão americano da Bienal de Veneza.